由造成手足口症的病毒所引起的并发症比较罕见，但一旦出现手足口症并发症，家长应马上寻求医生就诊。
可能的并发症包括：
1. 严重脱水。严重的口腔溃烂可能使孩子没法饮用水或食物而导致身体脱水。呕吐或者痢疾也可能造成身体流失水分而造成脱水。
2. 更罕见的还包括脑部感染，如病毒性或无菌性脑膜炎。致命性的脑炎也有可能发生，但非常的罕见。
3. 可能的并发症还包括有EV-71病毒所引发的肺部感染或者心脏感染，但这些都非常少见。
